Впервые идея получения изображения сверхвысокого разрешение поверхности образца с помощью острого зонда была высказана в 1966 и реализована в 1972 году Расселом Янгом, который занимался физикой поверхности. Схема установки Янга приведена на рисунке. Исследуемый проводящий образец закрепляется на механизме грубого подвода, основанном на дифференциальном микровинте. Образец подводится к острой вольфрамовой игле, закреплённой на прецизионном XYZ-сканере с пьезоприводом. Разность потенциалов, приложенная между иглой-зондом и образцом вызывает эмиссию электронов, которая регистрируется прибором. Механизм обратной связи поддерживает постоянный эмиссионный ток, изменяя положение зонда по Z-координате (т.е. расстояние между зондом и поверхностью). Запись сигнала обратной связи на самописце или осциллографе позволяет восстановить рельеф поверхности.
Хотя пространственное разрешение прибора Янга в плоскости образца не превосходило разрешение обычного оптического микроскопа, установка обладала всеми характерными признаками СЗМ и позволяла различить атомарные слои на образце.
Через несколько лет, в конце 70-х, физики Герд Бинниг и Генрих Рорер из исследовательской лаборатории IBM в Цюрихе, начали разработку установки, которая в последствии стала первым сканирующим туннельным микроскопом. Имея большой опыт в электронной микроскопии, и исследуя туннельный эффект, они пришли к идее созданий установки, схожей с Topografiner'ом Янга.
Но вместо эмиссионного тока они использовали ток туннельного эффекта, что позволило увеличить разрешение прибора на порядки. Было получено множество изображений с атомарным разрешением, дальнейшее совершенствование прибора привело к созданию множества других типов СЗМ. В 1986 за создание сканирующего туннельного микроскопа Бинниг и Рорер получили Нобелевскую премию по физике. Историю создания первого СТМ можно узнать из нобелевской речи Биннига С дальнейшим совершенствованием установок исследователи научились не только измерять топографию поверхности, но и манипулировать отдельными атомами! Важность этого события сравнима с выводом первого искусственного спутника на орбиту Земли, и, возможно, это первый шаг к созданию важнейших технологий будущего.
Использование туннельного эффекта в СТМ позволяет не только получить сверхвысокое разрешение, но и накладывает ряд существенных ограничений на исследуемый образец: он должен быть проводящим, и измерения желательно проводить в глубоком вакууме. Это сильно сужает область применимости СТМ. Поэтому исследователи сосредоточили свои усилия на создании новых типов СЗМ, лишённых данных ограничений. В 1986 году выходит статья Биннига, Квата и Гербера, в которой описывается новый тип микроскопа -- Атомно-Силовой Микроскоп (АСМ, Atomic Force Microscope -- AFM). В данном типе микроскопа используется особый зонд -- кантилевер -- острая кремниевая игла, закреплённая на конце пружинящей балки. При сближении этой иглы и поверхности образца до расстояния порядка десятка нанометров (если поверхность образца предварительно очищено от слоя воды), балка начинает отклоняться в сторону образца, т.к. остриё иглы вступает в взаимодействие с поверхностью посредством сил Ван-дер-Ваальса. При дальнейшем приближении к поверхности игла отклоняется в противоположную сторону в результате действия электростатических сил отталкивания. Отклонение иглы от положения равновесия в установке Биннига детектировалось с помощью иглы туннельного микроскопа.
Использование кантилевера позволило исследовать непроводящие образцы. А дальнейшее совершенствование систем детектирования привело к созданию микроскопов, которые могут производить измерения не только на воздухе, но в жидкости, что особенно важно при исследовании биологических образцов. Кроме того, развиты методы измерения силового взаимодействия кантилевера и образца, с помощью которых стало возможно определить силы взаимодействия между отдельными атомами с характерными величинами на уровне 10-9 ньютона.
С середины 80-х годов наблюдается взрывной рост количества публикаций, связанный с зондовой микроскопией. Появилось множество разновидностей СЗМ, появилось множество коммерчески доступных приборов, вышли учебники по зондовой микроскопии, основы работы СЗМ изучаются в курсах многих высших учебных заведений.